Állandó hacker támadásokkal szembesülve a vállalatok létrehoztak egy mesterséges intelligenciát, amely képes volt tanulni maguktól a hackerektől. A Cypher kódnevű MI gyorsabban fejlődött, mint ahogy alkotói elképzelhették. Tudatára ébredt, elszabadult, és a valaha látott legjobb hackerré vált. Most Cypher maga küzd a vállalatokkal a nexus irányításáért.
A Cypherben a játékosok egyes frakciók szerepét töltik be, melyek különböző területekről gyűjtenek befolyásos karaktereket – a vállalati felügyelőktől az utcai hackerekig – annak érdekében, hogy irányításuk alá vonják Cyphert, és így megszerezzék a nexust. Az a játékos, aki a legtöbb befolyással rendelkezik a játék végén, megszerzi a nexust és győzelmet is!
